Trong cơ cấu tổ chức của Hải quân Đế quốc Nhật Bản năm 1886, Đế quốc Nhật Bản được chia thành năm khu vực hoạt động, với khu Hokkaidō-Ōshu tạo thành Quận Hải quân thứ 5, với trụ sở chính ở Muroran, Hokkaidō. Tuy nhiên, khu vực này được chỉ được chi trợ ít ngân sách và phần lớn vẫn là một tổ chức giấy dưới sự chỉ huy của Vùng Hải quân Yokosuka.

Vào ngày 12 tháng 6 năm 1895, tổng hành dinh danh nghĩa của Quận Hải quân thứ 5 được chuyển từ Muroran đến cảng cảng được che chở hơn nhiều ở Vịnh Mutsu, mặc dù cơ sở vật chất và cơ sở hạ tầng là tối thiểu.

Sau chiến tranh Nga-Nhật, khi tầm quan trọng chiến lược của việc kiểm soát Eo biển Tsugaru được trú trọng và với việc Nhật Bản chiếm được tỉnh Karafuto từ Đế quốc Nga, Việc đầu tư nhiều hơn đã được thực hiện nhằm bảo vệ biên giới phía bắc Nhật Bản. Ōminato là một trong mười một hải cảng được chỉ định là cảng hải quân hạng ba (要港部, yokobu?) nằm ở nhiều địa điểm khác nhau trên khắp nước Nhật. Vào tháng 12 năm 1905 nó được tách độc lập khỏi Yokosuka. Mặc dù các căn cứ ở Muroran, Asahikawa và Wakkanai đều báo cáo cho Ōminato, nó không được nâng hạng thành tổng hành dinh Vùng Hải quân (鎮守府, chinjufu?) nhưng vẫn tiếp tục là Ōminato yokobu.

Một trạm liên lạc không dây được hoàn thành vào năm 1913. Vào ngày 9 tháng 10 năm 1913, tàu khu trục Inazuma lớp Inazuma bị nổ lò hơi số 3 của cô trong khi đang ở Ōminato. Vụ việc làm quan trọng hóa nhu cầu về các cơ sở vật chất tốt hơn tại Ōminato, và một cơ sở sửa chữa tàu và bệnh viện hải quân đã được hoàn thành vào năm 1923. Vào ngày 19 tháng 7 năm 1931, các cơ sở sửa chữa tàu tại Ōminato bắt lửa và phần lớn bị phá hủy, và phải được xây dựng lại một năm sau đó. Trạm Không quân Hải quân Ōminato được khai trương vào tháng 11 năm 1933.

Vào tháng 9 năm 1936, sau Sự kiện Hạm đội 4 của Hải quân Nhật (trong đó hạm đội bị dính một cơn bão, gây mất nhiều tàu và thiệt hại các tàu còn lại), Ōminato nhận được các tàu khu trục Hatsuyuki và Yugiri để sửa chữa khẩn cấp.

Vào ngày 20 tháng 11 năm 1941, Ōminato cuối cùng cũng được nâng lên hạng Quận Cảnh bị (警備府, Keibifu?)[1]. Về khái niệm, Quận cảnh bị tương tự như khái niệm Sea Frontiers của Hải quân Hoa Kỳ. Mỗi Quận cảnh bị duy trì một lực lượng tàu đồn trú nhỏ của và lực lượng lục quân hải quân báo cáo trực tiếp cho chỉ huy trưởng quận, và tiếp nhận các đội tách từ các hạm đội đánh số trên cơ sở tạm thời.

Sau khi chiến tranh Thái Bình Dương bắt đầu, Ōminato trở thành cảng nhà của Hạm đội thứ năm của Hải quân Nhật. Cuộc tấn công vào cảng Hà Lan ở quần đảo Aleutian cùng lúc với trận Midway được phóng từ Ōminato.

Ōminato bị đánh bom nhiều lần trong những ngày cuối của cuộc chiến: 14 tháng 7, 15 và 28 tháng 7, tiếp theo là một cuộc tấn công lớn từ ngày 8-10 tháng 8 năm 1945, đã phá hủy nhiều tàu. Các lực lượng Mỹ đổ bộ từ tàu USS Panamint (AGC-13) để chấp nhận sự đầu hàng của căn cứ từ Hải quân Đế quốc Nhật Bản vào ngày 9 tháng 9 năm 1945.

Các cơ sở cơ sở đã được sử dụng bởi Hải quân Hoa Kỳ trong thời gian chiếm đóng Nhật Bản cho đến ngày 16 tháng 9 năm 1953. Một phần của căn cứ cũ hiện đang được sử dụng bởi Lực lượng Phòng vệ Biển Nhật Bản với danh nghĩa Căn cứ JMSDF Ōminato.